Kei Kusanagi è un diciottenne timido ed introverso, che ha passato tre anni in una specie di coma, che lui chiama "l'arresto". Gli capita infatti frequentemente di bloccarsi e perdere conoscenza quando è sotto pressione. Persi i tre anni si trasferisce da suo zio Minoru, un dottore, e riprende ad andare a scuola. Nessuno dei suoi compagni sa del suo problema e tutti pensano abbia quindici anni, come loro.
Una sera vede un vortice nel lago e subito dopo assiste alla materializzazione di una donna stupenda. Scappa impaurito e si risveglia il giorno dopo, non sapendo se quello che ha visto sia vero o sia stato solo un sogno. Quando con sorpresa vede la stessa donna entrare nella sua classe e presentarsi come la loro nuova professoressa di Giapponese Moderno. Dopo scuola Kei scopre che la professoressa, Mizuho Kazami, è andata a vivere proprio vicino a lui e mentre la sta aiutando a traslocare viene teletrasportato in un'astronave. Scopre così che Mizuho è un'aliena mandata dalla Federazione ad osservare gli umani.
Mizuho, per evitare che il giovane riveli la sua vera identità cerca di instaurare un legame con lui fino a sposarlo, quando gli zii di Kei iniziano a fare troppe domande sul loro rapporto. Col tempo però i due si innamorano veramente l'uno dell'altra e finiscono col vivere insieme.
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...lui credeva ciecamente in Dio, anche se sapeva che tante cose che aveva fatto costituivano un oltraggio al Creatore. Semmai il suo torto era di pensare che Satana fosse l’ombra di quest’ultimo, inseparabile da Lui; e che dunque persino il peccato fosse il riflesso di una contesa cosmica in fondo fraterna, e di un dualismo che aveva impegnato le leggi universali. Sentiva di vagare, come tutti gli esseri umani, tra due poli contrapposti solo in apparenza, visto che si definivano reciprocamente. Per cui anche il peccato finiva con l’essere preghiera, mentre l’operare bene era un riconoscere, sia pur in negativo, l’esistenza dell’ombra...
(Valerio Evangelisti
Mater terribilis
soliloquio di Gilles de Rais)